Семь месяцев спустя после Одногодичной войны, Герцогство Зион превратилось в Республику Зион и продолжило борьбу. Дэрил, опытный пилот мобильного воина «Психо-Заку», сражался в секторе «Удар молнии», где уничтожил флот Братства Мур. Однако после потери своего меха, он вынужден отправиться на Землю, чтобы собрать информацию об Альянсе Южных морей – военной группировке, входящей в состав Земной Федерации. Ио, его бывший противник, был выбран для испытаний прототипа мобильного воина «Атлас Гандам» и направлен на Землю. Новый этап конфликта начинается, когда старые враги вновь сталкиваются на поле боя, исход которого может переломить ход истории.
